Penelusuran sejarah zaman kerajaan Jawa diawali sejak zaman Kerajaan Mataram Hindu sampai
dengan Kerajaan Surakarta. Pada akhir zaman Kerajaan Majapahit (1294-1478) daerah cikal-bakal
Kabupaten Cilacap terbagi dalam wilayah-wilayah Kerajaan Majapahit, Adipati Pasir Luhur
dan Kerajaan Pakuan Pajajaran, yang wilayahnya membentang dari timur ke arah barat :
- Wilayah Ki Gede Ayah dan wilayah Ki Ageng Donan dibawah kekuasaan Kerajaan Majapahit.
- Wilayah Kerajaan Nusakambangan dan wilayah Adipati Pasir Luhur
- Wilayah Kerajaan Pakuan Pajajaran.
Menurut Husein Djayadiningrat, Kerajaan Hindu Pakuan Pajajaran setelah diserang oleh kerjaan
Islam banten dan Cirebon jatuh pada tahun 1579, sehingga bagian timur Kerajaan
Pakuan Pajajaran diserahkan kepada Kerajaan Cirebon. Oleh karena itu seluruh wilayah cikal-bakal
Kabupaten Cilacap disebelah timur dibawah kekuasaan Kerajaan Islam Pajang dan sebelah barat
diserahkan kepada Kerajaan Cirebon.
Kerajaan Pajang diganti dengan Kerajaan Mataram Islam yang didirikan oleh Panembahan
Senopatipada tahun 1587-1755, maka daerah cikal bakal Kabupaten Cilacap yang semula di bawah
kekuasaan Kerajaan Islam Pajang diserahkan kepada Kerajaan Mataram .
Pada tahun 1595 Kerajaan Mataram mengadakan ekspansi ke Kabupaten Galuh yang berada
di wilayah Kerajaan Cirebon.
Menurut catatan harian Kompeni Belanda di Benteng Batavia, tanggal 21 Pebruari 1682 diterima
surat yang berisi terjemahan perjalanan darat dari Citarum, sebelah utara Karawang ke Bagelen.
Nama-nama yang dilalui dalam daerah cikal-bakal Kabupaten Cilacap adalah Dayeuhluhur dan
Limbangan.
2. Zaman Penjajahan Belanda
Pembentukan Onder Afdeling Cilacap (dua bulan setelah Residen Launy bertugas) dengan
besluit Gubernur Jenderal D.De Erens tanggal 17 Juli 1839 Nomor 1, memutuskan :
"Demi kepentingan pelaksanaan pemerintahan daerah yang lebih rapi di kawasan selatan
Banyumas dan peningkatan pembangunan pe,abuhan Cilacap, maka sambil menunggu usul
organisasi distrik-distrik bagian selatan yang akan menjadi bagiannya, satu dari tiga
Asisten Resident di Karesidenan ini akan berkedudukan di Cilacap".
Karena daerah Banyumas Selatan dianggap terlalu luas untuk dipertahankan oleh
Bupati Purwokerto dan Bupati Banyumas maka dengan Besluit tanggal 27 Juni 1841
Nomor 10 ditetapkan :"Patenschap" Dayeuhluhur dipisahkan dari Kabupaten Banyumas
dan dijadikan satu afdeling tersendiri yaitu : afdeling Cilacap dengan ibu kota Cilacap,
yang menjadi tempat kedudukan kepala Bestuur Eropa Asisten Residen dan Kepala
Bestuur Pribumi Rangga atau Onder Regent. Dengan demikian Pemerintah Pribumi
dinamakan Onder Regentschap setaraf dengan Patih Kepala Daerah Dayeuhluhur.
Bagaimanapun pembentukan afdeling memenuhi keinginan Bupati Purwokerto dan Banyumas
yang sudah lama ingin mengurangi daerah kekuasaan masing-masing dengan
Patenschap Dayeuhluhur dan Distrik Adiraja.
Adapun batas Distrik Adiraja yang bersama pattenschap Dayeuhluhur membentuk
Onder Regentschap Cilacap menurut rencana Residen Banyumas De Sturier
tertanggal 31 Maret 1831 adalah sebagai berikut :
Dari muara Sungai Serayu ke hulu menuju titik tengah ketinggian Gunung Prenteng.
Dari sana menuju puncak, turun ke arah tenggara pegunungan Kendeng, menuju puncak
Gunung Gumelem (Igir Melayat). dari sana ke arah selatan mengikuti batas wilayah
Karesidenan Banyumas menuju ke laut. Dari sana kearah barat sepanjang pantai menuju
muara Sungai Serayu. dari batas-batas Distrik Adiraja dapat diketahui bahwa Distrik Adiraja
sebagai cikal-bakal eks Kawedanan Kroya lebih besar dari pada eks. Kawedanan Kroya ,
karena waktu itu belum terdapat Distrik Kalireja, yang dibentuk dari sub bagian Distrik Adiraja
dan sebagai Distrik Banyumas. Sehingga luas kawasan Onder Regentschap Cilacap masih lebih
besar dari luas Kabupaten Cilacap sekarang.
Pada masa residen Banyumas ke-9 Van de Moore mengajukan usul Pemerintah Hindia Belanda
pada tanggal 3 Oktober 1855 yang ditandatangani Gubernur Jenderal Duijmaer Van Tuist,
kepada Menteri Kolonial Kerajaan Belanda dalam Kabinet Sreserpt pada tanggal 29 Desember 1855
Nomor 86, dan surat rahasia Menteri Kolonial tanggal 5 Januari 1856 Nomor 7/A disampaikan
kepada Gubernur Jenderal Hindia Belanda. Usul pembentukan Kabupaten Cilacap
menurut Menteri Kolonial bermakna dua yaitu permohonan persetujuan pembentukan
Kabupaten Cilacap dan organisasi bestir pribumi dan pengeluaran anggaran lebih
dari F.5.220 per tahun yang keduanya memerlukan persetujuan Raja Belanda,setelah menerima
surat rahasia Menteri Kolonial Pemerintah Hindia Belanda dengan besluit Gubernur Jenderal
tanggal 21 Maret 1856 Nomor 21 antara lain menetapkan Onder Regentschap Cilacap
ditingkatkan menjadi Regentschap (Kabupaten Cilacap).
Daftar Nama Bupati Cilacap :
1. R. Tumenggung Tjakra werdana II (1858-1873)
2. R. Tumenggung Tjakra Werdana III (1873-1875)
3. R. Tumenggung Tjakra Werdana IV (1875-1881)
4. R.M Adipati Tjakrawerdaya (1882-1927)
5. R.M Adipati Arya Tjakra Sewaya (1927-1950)
6. Raden Mas Soetedjo (1950-1952)
7. R. Witono (1952-1954)
8. Raden Mas Kodri (1954-1958)
9. D.A Santoso (1958-1965)
10. Hadi Soetomo (1965-1968)
11. HS. Kartabrata (1968-1974)
12. H. RYK. Moekmin (1974-1979)
13. Poedjono Pranyoto (1979-1987)
14. H. Mohamad Supardi (1987-1997)
15. H. Herry Tabri Karta, SH (1997-2002)
16. H. Probo Yulastoro, S.Sos, MM, M.Si (2002- sekarang)
sumber : http://www.cilacapkab.go.id